(一)國立科學教育館管理時期(民國47年~92年)
原國立科學教育館於47年落成啟用,87年經臺北市指定為「紀念性建築物」。指定當時土地由農委會林業試驗所管理;建物由教育部所管轄之國立科學教育館管理。
(二)農委會林業試驗所接管與古蹟指定時期(民國92年~96年)
國立臺灣科學教育館於92年遷出後,由農委會林業試驗所接管該建物,擬規劃為「北部生物多樣性展示中心」。
94年文化資產保存法修正通過,已無「紀念性建築物」的類別,因此林試所要求臺北市政府重新審查,臺北市政府於95年指定為臺北市市定古蹟。
(三)行政院文化建設委員會(現今文化部前身)接管時期(民國96年~97年)
原科教館指定為市定古蹟後,林試所考量自身並無具備古蹟及歷史建物之維護專家。文建會表示將成立「文化資產總管理局」,有接管該建物之意願,隨即展開跨部會的協調移撥作業。經各部會協調後,行政院於96年1月正式同意將臺北市中正區南海段五小段65-7地號國有土地及同段2470建號國有建物移撥予文建會使用。
(四)國立臺灣工藝研究發展中心接管時期(民國97年迄今)
文建會考量該建物空間恐無法容納文化資產總管理局辦公空間之需求,且已另尋場地在原臺中酒廠成立。
而文建會所屬的國立臺灣工藝研究發展中心因幾年來積極執行工藝創意產業發展計畫,從人才養成、跨界媒合、拓展通路到走向國際,已累積豐碩的能量,也獲得不少正面迴響。工藝中心位於南投草屯,這些資源與能量如果能在臺北都會區展現、擴散,勢必能有更積極的效益呈現。
且工藝中心臺北分館原位於大樓內(臺北市南海路20號9-10樓),使用空間和功能有限,所以希望能善用原科教館現有建物空間及其優越的地理條件,使其成為臺灣工藝、創意與設計的重要基地。